La création de l'Ecole du Pharo, école d'application du Service de santé des troupes coloniales, se situe à la conjonction de l'essor de l'ère pasteurienne et de l'expansion outre-mer de la France. La très forte mortalité des troupes lors des conquêtes coloniales par dysenterie, typhus, choléra, fièvre jaune, paludisme, peste... va susciter une réorganisation des services de santé. Trois créations : l'Ecole de santé militaire, à Lyon, en 1888, l'Ecole de santé navale, à Bordeaux, et le Service de santé des colonies, en 1890. A l'Ecole du Pharo, à Marseille, les médecins ayant fait leurs études à Lyon ou à Bordeaux, et quelques civils souhaitant travailler outre-mer, vont recevoir une formation spécifique d'un an pour « soigner les troupes, les expatriés et développer l'assistance médicale indigène ». L'enseignement reçu ne se limite pas aux soins ou à la recherche.