A la suite des partages carolingiens et des regroupements politiques du XIe siècle, la Franche-Comté, région francophone, fait partie des terres d'empire. Elle porte le nom de comté palatin de Bourgogne. Malgré un séjour de la cour de l'empereur Frédéric Barberousse à  Dole, le comte perd son pouvoir au profit des grands féodaux, dont les Châlon. Ce comte est en effet lointain. Au cours du XIVe siècle, la Franche-Comté le nom apparaît en 1366 passe à  la maison royale de France, aux ducs capétiens de Bourgogne, puis à  la maison de Flandre. Son héritière, Marguerite, épouse en 1369 Philippe le Hardi, premier duc Valois de Bourgogne, qui devient comte de Bourgogne à  la mort de son beau-père en 1384. C'est surtout son petit-fils Philippe le Bon qui va mater la noblesse frondeuse du comté et développer le Parlement qui siège à  Dole, capitale du comté, et fonde l'université, aussi à  Dole.