Jean-François Poupinel est né à Alger le 18 janvier 1940. En 1959, il intègre l'École polytechnique, devient ingénieur des Ponts et Chaussées, avant d'étudier à Harvard. Il commence sa carrière au ministère de l'Équipement, du Logement et des Transports, avant de rejoindre Paribas. En 1985, il intègre la Compagnie financière et industrielle des autoroutes (Cofiroute), dont il devient le P-DG en 1997.