Le nom de Cuzco, ou Cusco, vient du mot quechua Qqosqo , qui est hispanisé. La ville actuelle se situe entre 3 000 m et 3 350 m d'altitude au fond d'un bassin andin qui draine les eaux de nombreux rios. Leur réunion forme à cet endroit le Huatanay, qui traverse la ville inca et se jette ensuite dans le Vilcanota, à l'est de Cuzco. La vallée est longue d'environ 30 km et sa largeur atteint 2 à 3 km dans sa partie la plus haute.