La laïcité d'un Ferry est bien moins jusqu'au-boutiste que celle des libres-penseurs. Au contraire des radicaux menés par Clemenceau, il n'a jamais songé à abolir le Concordat de 1801, qui, à ses yeux, offre à l'État les moyens de contrôler l'Église, en nommant notamment les évêques. Selon lui, l'influence cléricale finira rapidement par s'éteindre face au progrès de l'esprit scientifique, que l'école laïque rend inexorable. Les gouvernements qui se succèdent après la chute de Ferry en 1885 sont sur la même ligne, et la question religieuse quitte le premier plan du débat politique.